1. 当時の世界と日本
   
   シーボルトが渡来する頃の日本と世界の情勢を紹介します。
   
   
2. 東洋への関心
   
   シーボルトの生い立ちと、日本に関心を持つようになったいきさつ、そして長崎渡来までを紹介します。
   
   
3. 日本研究と医学教育
   
   シーボルトは出島と鳴滝塾を中心に、日本の研究と日本人に対する医学教育を行いました。彼の活動と業績を紹介します。
   
   「シーボルト蘭文免許状（国認定旧重要美術品）」
   　シーボルトが門人である高良斎にあてて、文政１２年（1829）に発行した
   　医学修得の証明書。
   
   
4. 江戸参府前後
   
   江戸参府とシーボルト事件のかかわりを、映像などによってわかりやすく紹介します。
   
   「オランダ使節団の行列」
   （シーボルト著『日本』より）
   
   
   
5. 帰国と再渡来
   
   　シーボルト国外追放から、再渡来、死にいたるまでを書簡・遺品などの資料によって紹介します。
   
   「シーボルト妻子像螺鈿（らでん）合子」（国指定重要文化財）
   　タキとイネの姿を蓋の表と裏に描き、青貝で細工した煙草入れ。
   
   
   
   
6. 子孫と顕彰
   　　
   シーボルトが日本に及ぼした影響と功績、日本とヨーロッパに残る子孫、シーボルトの著作などを紹介します。
   
   ■映像コーナー■
   
   　国内外のさまざまな著名人がシーボルトの功績について語っています。